胚胎對(duì)冷卻階段具抵抗力，但是短時(shí)間的熱應(yīng)激會(huì)導(dǎo)致胚胎畸形，胎位不正或可能會(huì)是致命的。不是只讓孵化器溫度計(jì)劃按常規(guī)發(fā)展，謹(jǐn)慎的做法是監(jiān)控蛋殼溫度以防胚胎過(guò)熱。這可以使用相對(duì)便宜的紅外線溫度計(jì)如 Braun Thermoscan來(lái)達(dá)到效果，該溫度計(jì)在孵化器所需的溫度范圍內(nèi)能準(zhǔn)確工作。必須檢查蛋赤道上的表面溫度，而不是氣室的溫度。
所有孵化器都有“熱點(diǎn)”和“冷點(diǎn)”，且在孵化16-18天檢查熱點(diǎn)的胚胎沒(méi)有遭受熱應(yīng)激是很重要的。理想的蛋殼溫度為 37.8°C (100°F) ，但是到孵化末期，蛋殼溫度增加到38.3°C (101°F)是很正常的，且基本沒(méi)有影響。但是，蛋殼溫度高于這個(gè)溫度是有害的，且39.4°C (103°F) 以上的溫度會(huì)對(duì)孵化率和雞雛質(zhì)量產(chǎn)生有害作用。