商品豬育種總的來說采用的是雜交計劃，選擇決策在純繁核心群做出，而最終的屠宰豬通過商品豬群的雜交配種生產(chǎn)。
這種類型的配種計劃在商品代和父母代的生產(chǎn)當中都利用了個體的和母系的雜交優(yōu)勢，應用非常廣泛。
在核心場，候選種公豬先是出生時根據(jù)父母信息選擇，然后在經(jīng)過斷奶后性能測定、收集了諸如增重、采食量和身體構成等信息之后再對公豬和后備母豬進行最后選擇。
通過基于譜系和性能測定的選擇方法已經(jīng)愛這些形狀上取得了顯著的遺傳改進。然而，對于伴性性狀（例如窩產(chǎn)仔數(shù)性狀），估計育種值（EBV）的精度通常較低，因為這些性狀的記錄通常在候選個體選擇的時候（斷奶后性能測定結束時）都還不存在。
在豬的育種計劃當中，總的來說母系育種目標50%以上強調(diào)的是母系性狀，因此盡可能提高母系性狀的EBV精度是有好處的。
對于難以通過基于譜系和性能測定的方法改進的性狀（例如母系性狀）來說，基因組選擇方法是一個可選方案。
基因組選擇方法可提高候選個體EBV的精度，而這個屬性可以用來提高整體的遺傳改進速度。
基因組選擇方法可以簡要總結如下：從一個既有表型數(shù)據(jù)又有SNP（單核苷酸多態(tài)性）信息的已經(jīng)確定了基因型的群體中，首先估算標記效應，或SNP效應。 之后，再利用這些SNP效應來預測育種值，這個育種值通常被稱為沒有表型記錄的年輕動物的基因組育種值（GEBV）。加裕進行的研究顯示，基因組選擇方式可顯著改進EBV的精度。
上述GEBV計算并不利用未確定基因型的候選個體的親本的表型或譜系信息。但研究已經(jīng)顯示，通過把未確定基因型親本的譜系和性能信息與基因型確定動物相結合，可以進一步提高基因組選擇方法的精度。 Legarra等人 (2009)、 Aguilar等人 (2010)、以及Christensen和Lund (2010)討論了同時采用基因型確定動物與未確定基因型親本的信息預測EBV的方式。這種方法常被稱為基因組選擇的單步方法。傳統(tǒng)的選擇方法采用基于譜系的關系和表型來估算EBV。在單步基因組選擇方法當中，會采用來自基因定型動物的關系信息對基于譜系的關系信息進行修改。
選自： The Pig Site中文
作者：Dinesh M. Thekkoot博士