近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所雞遺傳育種團(tuán)隊，在對中外雞種全基因組重測序的基礎(chǔ)上，整合對重要經(jīng)濟(jì)性狀功能基因的顯著位點(diǎn)，開展了自主芯片設(shè)計，研制出我國首款雞55KSNP芯片。
近年來，隨著分子標(biāo)記檢測技術(shù)不斷發(fā)展，分子育種進(jìn)入了全基因組選擇時代。相對于傳統(tǒng)育種手段，全基因組選擇具有育種值估計準(zhǔn)確率高、有效提高育種工作效率等優(yōu)點(diǎn)，已應(yīng)用于奶牛、生豬的品系選育中。而與牛和豬比較,全基因組選擇在家禽育種方面的研究和應(yīng)用則相對較少。
記者了解到，用于雞全基因選擇的商業(yè)化芯片價格昂貴，國外芯片單個樣本的價格需要1200元～1500元，而開展一次研究需要的樣本數(shù)就要千余個。北京畜牧獸醫(yī)研究所雞遺傳育種團(tuán)隊趙桂蘋研究員告訴記者，國外商品化芯片的位點(diǎn)信息多來源于國外商業(yè)蛋雞和肉雞品種，如600KSNP芯片，有60萬個位點(diǎn)，但并不完全適用于我國國內(nèi)品種育種使用。
針對這一需求，雞遺傳育種團(tuán)隊二十余人經(jīng)過大量調(diào)研、搜集，從2014年開始做技術(shù)性研究，測序、找位點(diǎn)，最終確定了5萬多個位點(diǎn)。“盡管位點(diǎn)數(shù)量不算特別多，但優(yōu)勢顯著。”趙桂蘋告訴記者，該團(tuán)隊研發(fā)的芯片，具有三大特點(diǎn)：一是具有多品種通用性。對比篩選了我國代表性的地方雞種、國內(nèi)外高度選育商用雞種的特征位點(diǎn)，并用國外600KSNP芯片作為填充，確保位點(diǎn)信息的廣譜性和有效性。二是具有經(jīng)濟(jì)性狀的功能相關(guān)性。篩選了與飼料報酬、產(chǎn)肉率、脂代謝、肉品質(zhì)、一般抗病力、繁殖等性狀基因顯著的位點(diǎn)14K，大幅增加了芯片的實(shí)用性。三是位點(diǎn)分布均勻、通量適中。55KSNP芯片位點(diǎn)在全基因組均勻分布，保證了育種值估計的準(zhǔn)確性。與600KSNP芯片相比，通量適中，價格大幅降低，一個樣本不到700元，具有較高的性價比。
55KSNP芯片的開發(fā)，填補(bǔ)了我國雞全基因選擇的商業(yè)化芯片的空白，不僅用于國內(nèi)肉雞、蛋雞的育種，還可用于地方品種資源的評價、功能基因鑒定等研究中，應(yīng)用前景廣闊。據(jù)了解，雞遺傳育種團(tuán)隊將全面開展芯片應(yīng)用效果評估，并建立我國肉雞全基因組選擇的分析平臺，為國產(chǎn)化肉雞品種選育提供技術(shù)支撐。
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